蛋白胺基酸
蛋白胺基酸是指在蛋白質內可找到且編碼在標準遺傳密碼中的二十種胺基酸。
非蛋白胺基酸則是指在蛋白質內找不到（如carnitine、GABA和L-DOPA），或沒有被標準遺傳密碼編碼（如hydroxyproline和selenomethionine）的其他胺基酸。後者通常源自於蛋白質的轉譯後修飾作用。
某些非蛋白胺基酸（如鳥氨酸和homoserine）對於生物缺少將其組進蛋白質內的功能有著很清楚的根本因素；如前面所舉的兩個胺基酸就會cyclize against the peptide backbone and fragment the protein with relatively short half-lives.
